ไบโอมในน้ำ (aquatic biomes) แบ่งออกเป็น ไบโอมแหล่งน้ำจืด (เช่น ทะเลสาบ แม่น้ำ) และ ไบโอมแหล่งน้ำเค็ม (เช่น มหาสมุทร) นอกจากนี้ยังมี แหล่งน้ำกร่อย (estuaries) ซึ่งเป็นบริเวณที่น้ำจืดกับน้ำเค็มมาบรรจบกัน โดยใช้ความเค็มเป็นเกณฑ์แบ่งชนิดหลักๆ
สามารถแบ่งออกเป็น 2 ประเภทหลักๆ คือ
ไบโอมน้ำจืด (freshwater biomes) เช่น ทะเลสาบ แม่น้ำ และบึง
ไบโอมน้ำเค็ม (marine biomes) เช่น มหาสมุทร แนวปะการัง และปากแม่น้ำ
โดยไบโอมในน้ำเป็นไบโอมที่ใหญ่ที่สุดและครอบคลุมพื้นที่ประมาณ 75% ของโลก